Deteksi Molekuler Fitoplasma Kelompok Lethal Yellowing pada Daun Kelapa Sawit (Elaeis guineensis Jacq.) dari Kegiatan Pemantauan Karantina di Kalimantan Tengah

Kelapa sawit (Elaeis guineensis Jacq.) merupakan komoditas perkebunan yang berperan penting dalam perekonomian nasional. Namun, sistem budidayanya menghadapi berbagai tantangan, salah satunya serangan Organisme Pengganggu Tumbuhan (OPT) yang dapat menurunkan produktivitas dan keberlanjutan perkebunan. Salah satu patogen yang menjadi perhatian adalah fitoplasma, yaitu bakteri tanpa dinding sel yang bersifat parasit obligat dan belum dapat dikultur secara in vitro. Fitoplasma kelompok lethal yellowing diketahui menyebabkan penyakit penting pada tanaman famili Arecaceae di berbagai negara, sementara informasi mengenai keberadaannya pada kelapa sawit di Kalimantan Tengah masih terbatas. Penelitian ini bertujuan mendeteksi keberadaan fitoplasma kelompok lethal yellowing pada tanaman kelapa sawit dari beberapa lokasi pemantauan di Kalimantan Tengah berdasarkan analisis molekuler gen 16S rRNA. Sampel daun diperoleh dari kegiatan pemantauan Balai Karantina Hewan, Ikan, dan Tumbuhan Kalimantan Tengah yang mencakup Kota Palangka Raya, Kabupaten Pulang Pisau, dan Kabupaten Kotawaringin Barat. Deteksi dilakukan melalui ekstraksi DNA, PCR menggunakan primer universal P1/P7, serta nested PCR menggunakan primer spesifik LY16Sf/LY16Sr dan primer universal R16F2n/R16R2. Produk amplifikasi divisualisasikan melalui elektroforesis gel agarosa, kemudian fragmen DNA terpilih dianalisis melalui sekuensing dan BLAST terhadap basis data GenBank. Hasil PCR menggunakan primer P1/P7 menunjukkan amplifikasi pada sampel PR-1, PR-2, PP-1, dan KWB-2. Namun, nested PCR menggunakan primer LY16Sf/LY16Sr menunjukkan bahwa seluruh sampel tidak terdeteksi mengandung fitoplasma kelompok lethal yellowing. Analisis lanjutan menggunakan primer R16F2n/R16R2 menghasilkan amplifikasi pada sampel PR-1, PR-2, PP-1, dan KWB-2. Sekuens PR-1, PR-2, dan KWB-2 menunjukkan kemiripan tertinggi dengan bakteri genus Bacillus berdasarkan analisis BLAST, sedangkan sampel PP-1 tidak dilanjutkan ke tahap sekuensing karena kualitas DNA yang tidak memadai. Berdasarkan hasil tersebut, fitoplasma kelompok lethal yellowing tidak terkonfirmasi pada sampel daun kelapa sawit yang diuji. Penelitian ini menunjukkan bahwa analisis sekuensing diperlukan sebagai tahap verifikasi untuk membedakan amplifikasi DNA target dan fragmen nontarget dalam deteksi molekuler fitoplasma.